Преподобный Аполлоний еще юношей, в пятнадцатилетнем возрасте, удалился во внутреннюю Фиваидскую пустыню (Нижний Египет), где провел в монашеских подвигах сорок лет. Впоследствии по откровению Божию он перешел в ближнюю пустыню и близ города Гермополя основал обитель, в которой постепенно собралось около пятисот иноков.

Святой Аполлоний был строгим постником: он вкушал вареную пищу лишь по воскресеньям, а в остальные дни питался лишь дикими растениями. Примеру преподобного следовали и все иноки, подвизавшиеся в обители вместе со своим наставником.

Скончался святой подвижник в IV веке.